Geniş alanlarda dezenfeksiyon kontrolü alanın tümü için uygulanamaz. Bu durumda alanda en çok risk teşkil edecek noktalar tespit edilerek, buradan alınan swab örnekleri yardımı ile bir veya birkaç test uygulanabilir. Kaç santimetrekareli alandan örnek alındıysa, çıkan sonuç toplam alana oranlanarak, geniş alandaki toplam bakteri sayısı hesaplanabilir. Dezenfeksiyonun doğru şekilde ve etkili bir dezenfektan ile yapılması durumunda sonuç zaten temiz çıkacaktır.
Yine bir alternatif de, kullanılan dezenfektan için etkinlik testleri yapılmasıdır.
Dezenfeksiyon sırasında olabilecek yanlış veya yetersiz uygulamaların önüne geçmek mümkündür. Eğitimli ve işini doğru yapan personel, dezenfeksiyonu da doğru yapacaktır. Pek çok sektörde, yoğun işlemler ve sık temizleme ve dezenfekte etme faaliyetleri olmaktadır. Zaman kısıtlı da olsa, her dezenfeksiyon aynı hassasiyetle yapılmalıdır. Bu da personel eğitimi ve denetim ile sağlanabilir.