Klordioksit  tüm  organizmaların  hücre  duvarından  5  elektron  alarak  kapatılamayacak büyüklükte  hasar  meydana  getirir.  Böylece  hücre  çekirdeğine  ve  sitoplazmasına  hücum ederek  hücrenin  5  dakika  içinde  lisis  yoluyla  ölümüne  neden  olur.  Isleyişi  itibari  ile klordioksite karşı mikroorganizmalar direnç geliştiremez. 
Zaman içerisinde klordioksitin etkinlik oranı azalır sterilizasyon ve dezenfeksiyon ürünlerinde hiçbir zararlı kimyasal madde bulunmaz ,aldehit veya parasetik asit içermez 
Kararsız olması klordioksiti patojenlerle karsılastıgında etkili yapan özelligidir. Klordioksitin aşırı kararsız durumu patojenlerin direnç gelistirmesini engeller. Esas itibari ile klordioksit bir oksitleyicidir.
- İçme suyu dezenfektanı olarak, 
- Su arıtımı için saflaştırma kimyasalı olarak, 
- Suda yosun önleyici olarak, 
- Endüstriyel atık suların dezenfeksiyonunda, 
- Kanalizasyon atık suyunun sterilizasyonu ve kokusunun giderilmesinde, 
- Gıda İşletmelerinde ve Gıda sterilizasyonunda,  
- Gıda  işlenmesinde Mantar  önleyici  kimyasal  olduğu  için  gıda  işleme  şirketleri tarafından meyve ve sebzelerin yıkanmasında, 
- Meşrubat sanayinde şişelerin yıkama ve çalkalanma alanlarındaki yüzeylerde, 
- Süt endüstrisinde yıkama ve çalkalanma anlarındaki yüzeylerde, 
- Şeker nişastasının merhem ve waksların beyazlatılmasında, 
- Her türlü depo sterilizasyonlarında(araç-normal yada soğutma sistemli) 
- Çiçekçilik ve akvaryum sektöründe, 
- Topluma Açık Alanların Dezenfeksiyonunda, 
- Tuvalet ve banyoların dezenfeksiyon işlemlerinde, 
- Tekstil fiber kağıt hamuru ve kağıt endüstrisinde ağartıcı olarak, 
- Biyolojik Atık Boşaltılmasında, 
- Endüstriyel soğutma sistemlerinde ve kulelerde mikrobik kirlenmeyi - Hayvancılık Sektöründe (Büyük ve küçük baş hayvancılıkta, kümes hayvanları  üretim kesimhane ve paketleme sürecinde)