Klordioksit diğer dezenfektanların geride bıraktıkları kimyasal ve kansorojen etkiler oluşturmamaktadır. Mükemmel bir bakterisit (E.coli), spor öldürücü , virüs öldürücü , yosun öldürücü. Diğer dezenfektanlara (Parasetik Asit, Hidrojen peroksit, Sodyum Hipoklorit ) kıyasla belirli pH larda 2,5 kat daha fazla oksidasyon gücü ayrıca daha az isçilik gerektirir. Klorla kıyaslandığında daha güçlü ve daha hızlı dezenfektan etkisi. Parasetik asit ve klor ürünleri ile kıyaslandığında daha düşük dezenfektan maliyetleri. pH değerinde bağımsız dezenfekte etkisi vardır, sürekli dezenfeksiyonu mümkün kılar.
Borular ve membranlardaki mikrobiyolojik kalıntıyı yok eder, biyolmi öldürür ve uzun süreli etki sağlar. Sudaki fenoller, yosunlar ve bunların parçalanarak oluşturduğu yan ürünlerden kaynaklanan koku ve tat sorunlarına yol açmaz ve var olanları da yok eder. Trihalojenmetan, klorfenol, AOX ve kloramin gibi zararlı yan ürünlerin oluşumunu engeller çok küçük bir oran ile (0,5mg/lt) mayaları ve lactobasileri öldürür. Birincil, ikincil ve üçüncül dereceden aminler ile reaksiyona girmez. Korozif değildir, diğer dezenfektanlarla karşılaştırıldığında suda daha hızla çözünür.
Mikroorganizmalara karşı diğer dezenfektanlarla karşılaştırıldığında çok daha düşük konsantrasyonlarda ve dozlarda etki eden bir dezenfektandır. Serbest radikal oluşturabildiği için gerekli reaksiyon süresi de çok daha düşüktür. Klordioksit kullanımı suda mikrobiyal kirleticilerin sağlık riskini tamamen yok eder ve aynı zamanda kimyasal kirlilik ve yan etkilerini de yok denilecek kadar minumum düzeye indirir. Diğer tüm dezenfektanlardan farklı olarak minumum % 99.5 bakteriyel ve virüsid temizlik sağlanmaktadır.
Su depolarında, sulama borularında ve sulama ekipmanlarında yosun oluşumunu, film tabakasının oluşumunu ve tıkanmaları engeller. Daha önce oluşmuş yosun ve film tabakalarını yok eder.